ΑΝΘΡΩΠΟΙ
Εκτός από τον Ηρόδοτο, και το σχόλιο θαυμασμού για τους Σαμιώτες και το υδραγωγείο, άλλες αρχαίες πηγές σιωπούν για το κατόρθωμα του Ευπαλίνου. Σε κάθε περίπτωση, η αρχαιολογική έρευνα αποκάλυψε ότι το υδραγωγείο παρέμεινε σε χρήση για περισσότερα από χίλια χρόνια, ενώ το όρυγμα επισκευάστηκε στους Ρωμαϊκούς χρόνους, με τοίχους κτισμένους με μικρές πέτρες και κονίαμα, σχηματίζοντας θολωτή στέγη. Στην πραγματικότητα, κατά την Ρωμαϊκή περίοδο κατασκευάζεται ένα άλλο, επιφανειακό υδραγωγείο για να μεταφέρει νερό στο Πυθαγόρειο. Στους Βυζαντινούς χρόνους το όρυγμα χρησιμοποιήθηκε ως καταφύγιο, ενώ ένας λατρευτικός χώρος και μία πρόχειρη στέρνα που συνέλεγε υπόγεια ύδατα, χτίστηκαν κοντά στο κέντρο του. Μετά τον 7ο αι. μ.Χ., το όρυγμα εγκαταλείφθηκε και ξεχάστηκε.
Λόγω του σχολίου του Ηροδότου, πολλοί περιηγητές αναζήτησαν το όρυγμα στη σύγχρονη περίοδο. Το 1853, ο Γάλλος αρχαιολόγος Victor Guérin έψαξε για τη «μεγάλη πηγή» του Ηροδότου, εντοπίζοντας τις Αγιάδες και ανασκάπτοντας το βόρειο άκρο του υπόγειου αγωγού. Ωστόσο, ήταν ο μοναχός Κύριλλος Μονινάς από το γειτονικό μοναστήρι της Αγίας Τριάδας, που ανακάλυψε μερικά χρόνια αργότερα τη βόρεια είσοδο του ορύγματος.
Το 1882, οι πρώτες προσπάθειες για τον καθαρισμό και τη λειτουργική αποκατάσταση του αγωγού νερού εγκαταλείφθηκαν, λόγω των μεγάλων δυσκολιών που προέκυψαν. Το νερό έφτασε τελικά στο Τηγάνι (το μεταγενέστερο όνομα του Πυθαγορείου) μέσω ενός εξωτερικού, επιφανειακού αγωγού. Ένα μικρό κτήριο ανεγέρθηκε στη νότια είσοδο της σήραγγας, το οποίο στέκει ακόμα επί τόπου.
Το 1883, ο Ε. Fabricius, αρχαιολόγος του Γερμανικού Αρχαιολογικού Ινστιτούτου στην Αθήνα (ΓAI), επισκέφθηκε το νησί και ερεύνησε το όρυγμα, μέχρι το σημείο που ήταν επισκέψιμο ως τότε. Δημοσίευσε μια συστηματική περιγραφή και την πορεία του πάνω έναν χάρτη του Βρετανικού Ναυτικού, καθιστώντας το υδραγωγείο γνωστό στους ερευνητές και στο ευρύ κοινό.
Το 1884, ο αρχαιολόγος Ε. Σταματιάδης δημοσίευσε το άρθρο «Περί του εν Σάμω ορύγματος του Ευπαλίνου», σχολιάζοντας την ανακάλυψη. Τοπογραφικές μετρήσεις έγιναν σχεδόν 75 χρόνια αργότερα από τον W. Kastenbein, ωστόσο, το 1971 ο U. Jantzen (1909-2000), διευθυντής του ΓAI, κατάφερε μετά από μακρά προετοιμασία να ανασκάψει το όρυγμα διεξοδικά (1971-1973). Μετά από αυτό, ο H. Kienast ανέλαβε το επίπονο έργο της τεκμηρίωσης και της δημοσίευσης, που ολοκληρώθηκε 20 χρόνια αργότερα. Ο χώρος άνοιξε στο κοινό στη δεκαετία του 1980.